便移植はなぜCD感染症に効くのか。便移植の臨床試験を行っている藤田医科大学消化管内科の大宮直木教授が解説するには、
「CD感染症の患者さんに共通するのは、健康な人に比べて腸内細菌の種類と数が減少していることです。腸内フローラといわれる各種細菌叢がバランスを崩しているので、それを正常な状態に近づける必要があります。抗菌剤は一定の菌を治療するという点で有効ですが、その他の有益な細菌にまでダメージを与えてしまう。便移植のメリットは、腸内細菌叢全体を健全な状態に戻すことで、毒素産生性CD感染症を治療できることです。まさに『北風と太陽』のように、（抗菌剤と便移植は）作用がまったく異なる治療です。また、便移植では細菌叢だけでなく、バクテリオファージなどの微生物叢も移植されるので、それも腸内環境を正常化させるのに役立っていると考えられています」
うんちの中という特殊な環境でしか生きられず、空気に触れると死んでしまう未知の腸内細菌も存在する。今まで見向きもされてこなかった腸内細菌の中には、腸の粘膜を修復する菌や、iPS細胞研究で注目を集めた、どんな臓器細胞にもなる万能細胞を増やす菌がいることもわかってきた。
それら腸内細菌の集団を腸内フローラというのだが、その組み合わせは人によって違うため、千差万別。
「まさに無限の組み合わせがあり、多種多様な腸内細菌は、体内の銀河系とも新薬の宝庫とも言われています。もしかすると誰かのウンコの中に、一攫千金を狙えるノーベル生理学・医学賞級のスーパー腸内細菌がいるかもしれない。ちなみに便移植に適した大便は、乳酸菌と酪酸菌が多いものだそうです」（医療ジャーナリスト）
便と腸研究の第一人者、東京医科歯科大学の藤田紘一郎名誉教授によれば、腸内環境は脳神経疾患から精神疾患、ガンにまで影響している。
「地球上初めての原始生物は、消化管だけで生きているものでした。脳がなくても生存する生命体はありますが、消化管のない生命体はありません。腸は脳や心臓よりも早く作られた臓器なので、腸が健康でないと全身の病気、脳や他臓器の病気も誘発するのです」
そこでこんな疑問が持ち上がる。
腸内環境が人体に及ぼす影響がそれほど大きいなら、便移植によって他の病気も治せるのではないか─。
まだ人類には知られていない「ハゲ菌」があって、フサフサの人の腸内から「フサフサ菌」をもらったら毛が生えるのか。太っている人は、痩せている人から「ヤセ菌」をもらったらダイエット効果があるのではないか。あるいは、ボケた老人が若者から腸内細菌をもらったら、ボケが治るのではないか。
驚くことに、「ボケ菌」と「デブ菌」は実在していることがわかっている。便移植でボケが治ることも判明した。「デブ菌」を治療する「肥満ワクチン」も開発が進んでいる。
